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前文已述，已得出的夏商周断代工程中的课题、专题成果，常常需要多学科的交叉、互证和互验，每一个年代结论，更需要有多学科交叉的互证、互洽。
所以，就整个“工程”
成果的整合而言，是在另一个更加广博、复杂、深入的更高层面上继续攻关的过程，这个层面所需要的学识和条件，以及所遇到的难题，远非单个专题或课题所能比拟。
早在“工程”
启动之初，在一次领导小组听证会上，当一位领导小组成员问李学勤对“工程”
最大的担心是什么时，李学勤回答说：“最担心的就是多学科、多课题、多专题的成果拿出来之后，整合不起来。
因为就单个学科的研究而言，过去许多前辈学者大都做过研究，并积累了相当的经验，我们现在再来研究，显然是站在前人的肩上往上攀登。
在这种情况下，最糟的也不过是在原地踏步而没有进步，前人的成果还在那里摆着。
但像‘工程’这样多学科整合的工作，前人没有做过，我们也没有做过，可以说大家都没有经验，如果研究商代的出一个结果，研究西周的出一个结果，两个结果拼不起来怎么办？比如说商末和周初中间差距是一百年，或者中间又重叠了一百年，这样麻烦就大了。”
所幸的是，中国的古代文明是一个客观存在，年代学是一门科学，而对年代学的研究有其客观规律可循，虽然对这门科学的研究也许永远达不到终极真理，但总是朝着真理的方向迈进。
所以夏商周断代工程实施之后，从工程各课题研究的结果来看，还没有出现李学勤最初所担心的那样大的“麻烦”
。
尽管如此，各专题与课题之间、各课题与整个“工程”
之间，小的“麻烦”
还是不断出现。
在这种情况下，就要求研究者站在更高的角度，尽可能从各个方面来加以分析、处理和整合现有的矛盾，使所得结果更好地朝着真理的方向靠近。
为了整合西周和商代后期年代学成果，“工程”
首席科学家在组织用两套思路反复推排金文历谱的同时，又组织对武王伐纣天象计算结果进行复核，同时组织了由商末三王周祀谱推算年代，以及与商代历日的对应关系等重点攻关。
为解决夏商考古研究的缺环，以建立起完整的西周考古年代序列，“工程”
又新增设“周原西周文化分期与研究”
等专题，使整个“工程”
下设的专题，由原来的36个增加到44个。
而加速器质谱法测试过程对设备调试的研究，特别是骨质样品制备专题对甲骨样品的碳样纯化问题的研究，也伴随着“工程”
成果整合的过程，不断得以改进和深化。
由于不同学科成果的交叉、匹配，以及14C测年数据与考古信息的拟合等一系列难点的解决，西周至商后期17个年代支点才得以标定，夏商周年代框架才得以更坚实地建立起来。
就在“工程”
对成果的研究整合不断取得新的进展之时，由彭林等人组成的《简稿》起草小组，在对各课题、专题的结题报告以及总体情况进行深入分析，对其论点、论据及其结论进行归纳、提炼的基础上，又对“工程”
整合的新成果及时地加以吸收，从而完成了《夏商周断代工程1996—1999阶段成果报告·简稿》的初稿。
1999年8月，“工程”
召开专家组会议，就以上《简稿》进行审议。
在长达七天的讨论中，专家们对《简稿》的部分内容和观点提出了修改意见。
随后，“工程”
首席科学家与起草小组对《简稿》文本进行了仔细的推敲和修改，进一步形成了《夏商周断代工程1996—1999阶段成果报告·简稿》（征求意见稿）。
此稿就夏商周断代工程的目标、研究途径、实施情况，以及各课题、专题的研究成果等做了简要而较全面的介绍，并附有《夏商周年表》。
该年表中，所列的几个大的年代支点是：夏的始年为公元前2070年，商的始年为公元前1600年，盘庚迁殷之年为公元前1300年，武王克商之年为公元前1046年。
在这个大的框架之内，还有商后期与西周各列王的年数。
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