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等口号。
1910年京师大学堂开办分科大学，共开办经科、法政科、文科、格致科、农科、工科、商科七科，设十三学门，分别是诗经、周礼、春秋左传（经科）；中国文学、中国史学（文科）；政治、法律（法政科）；银行保险（商科）；农学（农科）；地质、化学（格致科）；土木、矿冶（工科）。
这时，一个近代意义的综合性大学初具规模了。
到了1912年5月4日，当时中国的最高学府、也是中国最高教育行政机关的京师大学堂改名为北京大学，这正是在蔡元培领导下的教育部推动下进行的。
中国近代启蒙思想家和教育家严复出任北京大学第一任校长。
1913年秋，当时的民国教育部为减少开销，几欲停办北京大学并将之并入天津北洋大学，遭到时任大学校长何燏时及大学师生反对，何燏时并为此呈文：“办理不善，可以改良；经费之虚糜，可以裁节；学生程度不齐一，可以力加整顿；而唯此一国立大学之机关，实不要遽行停止。”
1913年11月，胡仁源（1883—1942）代理北京大学校长，后正式担任校长。
胡仁源本人科举及第后，曾进北大的前身京师大学堂学习，随后留学日、德等国。
一般认为胡仁源的教育思想较为守旧。
他在北京大学校长任上所聘请的一些教授，多系清末遗老和士大夫，如辜鸿铭、刘师培、姚仲实、陈石遗、黄季刚等人。
1917年入读北大，后曾任民国国立清华大学校长的罗家伦有一段评价：“等到辛亥革命以后，称为国立北京大学，最初一些做过初期校长的人，对于这个学校，也没有什么改革，到了袁世凯时代，由胡仁源代理校长，胡仁源为人，一切都是不足道，但是听说当时不曾列名于筹安会，上劝进表，倒也算是庸中佼佼者。”
罗家伦对蔡元培入主北大前的几任校长倒都评价很一般，只对胡仁源拒绝拥戴袁世凯称帝一事称道了一下。
1915年下半年，袁世凯策动军阀官僚和御用文人们拼凑各种各样的请愿团体，上书国会要求改变国体，拥戴他当皇帝。
北京大学校长胡仁源和教授也成为他竭力拉拢和收买的对象。
他先封胡仁源为“中大夫”
，又授给北大一些教授四等、五等“嘉禾章”
。
接着他的儿子袁克定“就使人说仁源率大学诸教授劝进”
，但遭到胡仁源和北大教授们的严词拒绝。
“仁源本诸教授之意持不可，谢使者。
大学遂独未从贼。”
面对权势不为所动，坚守道义，倒体现了胡仁源的风格气节。
胡仁源对北大也进行了一些整顿工作和一系列规划，对本科和预科分别进行调整充实，陆续引进了一批国外留学归来的中青年学者来校任教，尤其在1913—1915年，陆续聘任了一批留日归国、倾向革新的章太炎弟子，如马裕藻、朱希祖、黄侃、沈兼士、钱玄同、马叙伦、沈尹默等人到北大文科任教。
这些学者注重考据训诂，以治学严谨见称，这种学风以后逐渐成为北大文史科教学与科研中的主流。
1915年11月，胡仁源根据蔡元培主持定制的《大学令》，设北大首届评议会，聘请陈介石、辜鸿铭、冯祖荀、俞同奎、陶孟和等为评议员，议决校政“大事”
。
胡仁源的此制度与后来蔡元培改革时的“教授治校、民主管理”
有异曲同工之妙，而胡仁源是将此制度付诸实践的第一人。
“五四”
运动的策源地——北大“红楼”
就始建于1916年6月胡仁源校长在任期间。
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