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波斯人迅速做出了反应，派兵进攻塞浦路斯。
随后的决战中，由于塞浦路斯人中有人叛变，暴动的首要城市撒拉米斯被攻陷。
伊奥尼亚人虽然在海上的决战中击败了腓尼基人，但既然陆地决战遭遇失败，保卫的对象已经沦陷，伊奥尼亚人只好撤退。
此后，波斯人在海上和陆上两线展开反攻。
赫勒斯滂地区的希腊人城市首先遭遇攻击，波斯人没费多大气力，就在这里取得了成功。
伊奥尼亚人打算在海上与波斯人一决高低，组成了联合舰队，弗凯亚人狄奥尼修斯被选为统帅。
他显然在海战上颇有造诣，严格按照海战规程训练希腊舰队。
然而希腊人似乎无意接受如此严酷而枯燥的训练，加上弗凯亚实力不济，也难以强迫其他盟国听命。
正在此时，原本被废黜的某些希腊僭主接受波斯嘱托，派出代表与水师中的希腊人谈判，一些城邦的将领受此引诱，决战的决心有所动摇。
当决战开始时，萨摩斯人等首先叛变，脱离了阵线，另有一些希腊人追随了萨摩斯人，只有开俄斯等少数城邦奋力作战。
战斗的结果可想而知：希腊人惨败，统帅狄奥尼修斯率领少数船只得以逃脱，开俄斯人在撤退回国途中遭遇袭击，几乎全军覆没。
水师的失败决定了暴动的结局。
波斯人从海陆两路封锁米利都。
公元前494年，米利都最终被攻陷。
该城的成年男性大部分被杀，残余居民被押往苏撒。
领土被瓜分：波斯人占据了城市，山区的土地被卡利亚人占据。
其他城邦或者在此之前或者在此之后也陆续被波斯人征服，伊奥尼亚人的暴动至此失败。
然而，对于波斯和希腊的关系来说，暴动产生了重要后果。
战后波斯总督详细测量了亚洲希腊人各邦的领土，禁止它们此后再相互发动任何战争。
爱琴海中的部分希腊人城市也被波斯人征服。
雅典和埃利特里亚对亚洲希腊人的援助，让国王大流士意识到，希腊本土的那些城市应当遭到制裁，否则波斯对亚洲希腊人的统治不会稳固。
据说大流士在得知雅典人的有关情况后，“他便要人们把弓给他拿来，他放一支箭在弓上并把它射到天上去……祈求说：‘哦，宙斯，容许我向雅典人复仇吧。
’自是而后，每到他用饭的时候，他都要他的一个仆人在他的面前说三次：‘主公，不要忘掉雅典人啊。
’”
[1]仆人的提醒看来确实起了作用，因为攻陷米利都两年后，大流士就发动了对希腊的第一次入侵。
二、马拉松战役
公元前492年，大流士以自己的女婿马尔多尼奥斯为统帅，率水陆两路大军渡过赫勒斯滂海峡向希腊本土推进。
在渡海前往欧洲之前，希罗多德特意提到，马尔多尼奥斯在小亚细亚做了一件足以让希腊人吃惊的事情：他废黜了希腊各邦的僭主政治，以民主政治代之。
希罗多德的意思，是希望证明他第3卷提及的波斯内部关于波斯应当采行何种政体争论的真实性，但他的记载，说明以大流士为核心的波斯中央政府对于民意的反应还算积极：既然公元前499年暴动的原因之一是希腊人对民主的追求，那波斯人可以顺应这一要求。
不过希罗多德这个概括性的说法到底有多少真理，令人生疑。
首先是希罗多德所说的民主政治过于笼统，我们不知道取代僭主政治的所谓“民主政治”
，到底有多少民主性。
其次则是历史事实本身证明这个所谓的民主政治即使存在，恐怕也时间不长，因为到公元前480年，当波斯人入侵希腊时，小亚细亚希腊人城邦军队的统帅又变成了僭主。
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