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免疫器官包括有中枢免疫器官、外围免疫器官和其他外围淋巴组织。
（1）中枢免疫器官
包括骨髓和胸腺。
所有的免疫细胞包括非特异的以及特异的都起源于骨髓。
骨髓里的干细胞分化为用于免疫系统的许多类型的细胞。
胸腺位于胸骨后，靠近气管，是重要的免疫中枢器官。
胸腺由网状组织构成，其中充满淋巴细胞，为淋巴细胞增殖最活跃的场所，也是T细胞分化成熟的主要场所，因而称T细胞是胸腺依赖细胞。
它对所有T细胞的活性都非常重要，并且对辨别敌人和朋友负责。
胸腺能分泌胸腺素，这种激素能使萎缩的淋巴组织复苏，淋巴细胞增生，还能使幼稚的淋巴细胞成熟，变成具有免疫抗病能力的淋巴细胞，但很少或没有恢复体液免疫功能的能力。
胸腺的生长、萎缩有明显的随年龄而变化的特点，出生时婴儿的胸腺只有10~15克，在两岁内发育最快，以后增大速度相对减慢下来，青春期时重30~40克，以后随年龄增长逐渐萎缩，到老年仅存15克或更少。
这可能与老年人缺乏活力，易患癌症及对传染病的抵抗力下降有关。
（2）外围免疫器官
离开中枢免疫器官的免疫活性细胞——T细胞和B细胞，通过血流和淋巴腺进入淋巴结和脾脏扁桃体等外围免疫器官。
在这里T细胞和B细胞分别占据不同部位，接受抗原刺激，完成分化增殖过程，分别引起细胞性免疫反应和体液性免疫反应。
淋巴结好像边防线上的岗哨一样，将侵人体内的病原体、寄生虫、病毒、霉菌、肿瘤细胞等有害物质挡住，又是T细胞和B细胞成熟和定居的场所，也是对抗原进行局部防御的主要部位。
如果在进入淋巴结的淋巴管内放人大量抗原，99%以上的抗原将被捕捉在淋巴结内。
淋巴结肿大有两个重要方面。
第一，淋巴结是滤器，这是转移性疾病中淋巴结增大的部分理由。
肿瘤细胞被淋巴管采集，并由相应的淋巴结滤出。
第二，淋巴结也是正常免疫淋巴细胞增殖的部位，因此，淋巴结肿大可见于病毒、细菌、霉菌、寄生虫的感染，以及与免疫有关的状态，如风湿病、结节病、自身免疫性溶血性贫血及药物过敏反应。
还有就是淋巴结固有的肿瘤，如淋巴瘤和何杰金氏病。
脾脏是机体最大的免疫器官，其免疫功能与淋巴结基本相同。
不同处是脾脏是针对血源性抗原发生免疫反应的主要场所，而淋巴结是针对淋巴液中的抗原。
此外脾脏也是血液的重要滤器，其红髓中的巨噬细胞能清除无用的异物和丧失功能的各种衰老、退化、破碎的红细胞、白细胞和血小板的作用。
即使在缺乏特异免疫状态时，巨噬细胞仍能行使这些功能。
（3）其他外围淋巴组织
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