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他的重要盟友，1554年担任首相的托马斯·纳达斯迪，通过自己位于匈牙利西部城市萨尔瓦尔的出版社大肆发行新教文学作品，其中就包括首版匈牙利语版《圣经·新约》。
在波希米亚，更为极端的胡斯教徒与捷克兄弟会暗中勾结，他们奉行的教义介于路德宗和加尔文宗之间（同时带有和平主义倾向），其活动几乎从未受到过任何迫害。
面对如此不利的局面，斐迪南依然竭尽所能地维护着天主教的政治特权。
1541年，布拉格皇家档案馆发生火灾，大量贵族契约与文件被焚毁，斐迪南随后公开表示支持天主教同情者的各项权利，同时，他还否定了之前授予新教徒的种种特权。
1547年，布拉格爆发了起义，起义很快就被镇压，斐迪南则借镇压新教叛军之机对天主教贵族阶层百般讨好。
斐迪南统治时期采用的宽松宗教政策并不只是一时的权宜之计。
他相信天主教会与新教势力之间存在着宗教共识，因而就有达成妥协的可能。
在这个问题上，斐迪南秉承了伊拉斯谟的观点，即最好的解决方案是通过谈判在敌对宗教派别间达成妥协。
因此，斐迪南努力避免制造对抗局面，试图说服教皇接受神职人员婚嫁和饼酒同领的宗教理念，从而达到与新教徒妥协的目的。
他为天主教会开出的条件同样温和而慷慨——恢复布拉格主教辖区，成立布拉格天主教克莱门特学院以抗衡圣杯派的查理大学，为新天主教传教会耶稣会提供资助，为饱受争议的维也纳主教辖区选派德高望重的主教人选。
斐迪南广袤的领地横跨整个中欧大陆。
此外，他还代表自己的兄弟查理五世摄政神圣罗马帝国，并最终于1558年继承皇位。
鉴于自己的长期缺席，斐迪南将匈牙利和波希米亚的执政权委托给了摄政议会。
摄政议会的主要职责包括受理低等法院的上诉以及处理各种请愿活动。
因此，枢密院就成了负责统筹协调政务运行的唯一部门。
成立于1527年的枢密院由不超过12个谋臣组成，他们整日跟随斐迪南东奔西走各处巡视。
纷繁复杂的政治派别和盘根错节的利益瓜葛阻碍了政府机构的协调运转。
成立于1527年的帝国国库负责管理国王在奥地利领地上的私人财产，并定期过问财政税收的分配工作。
事实上，帝国的大部分收入或是直接进入位于因斯布鲁克的不同国库部门，或是被布拉格的波希米亚国库直接截留。
匈牙利国库则是匈牙利王国唯一具有行政职能的政府机构，同时承担着大部分政府职责。
帝国战时议会成立于1556年，负责为给土耳其接壤的边境地区提供后勤保障以及制定军事战略，同时它在奥地利领土上的权威也受到其他同类军事议会的掣肘。
为了节省时间，斐迪南曾提议将所有中欧领地的议会集中召开，但遭到各领地贵族的一致阻挠。
斐迪南始终未能建立起一套统一的行政体系，同样无果而终的还有他那让帝国沐浴在天主教荣光中的宗教构想。
他广袤无垠的领土和王国被势力强大的贵族阶层、横加干涉的议会势力和气焰嚣张的新教徒牢牢把控着，斐迪南不得不采取避其锋芒的迂回战略，忍辱负重，艰难前进，甚至一再纵容路德教势力的步步紧逼并承诺保护圣杯派异端的宗教特权。
斐迪南为后代留下了一个名存实亡的行政体系和尾大不掉的诸侯集团。
哈布斯堡帝国千疮百孔的身躯，在积弊已久的旧制度下勉力维持，缓缓迈向四分五裂的崩溃边缘。
[1] 中世纪晚期流通于欧洲的一种货币。
——编者注
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