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因此，基督教在近代科学产生前之所以能够持续发展了10多个世纪，本身就说明它同时还是一个开放的知识系统，只是它的开放性常常受制于启示真理的权威。
面对近代科学挑战的近代基督教，正是继承和发扬了这一传统。
从17世纪开始，基督教内部相继产生了各种形式的理性化改革运动。
在16世纪，“‘理性宗教’被用来作为基督教要义的一种支持，但是到了17世纪，‘理性宗教’便成了基督教要义的替代”
。
“原来只是作为启示的一种补充的理性，已完全取代了启示而成为认识上帝的手段。”
[6]因为在17世纪的清教徒看来，人们能够通过认识自然来认识上帝，“科学不是同宗教相抗衡的，而是宗教信仰的一个的基础”
。
[7]17世纪末至18世纪的欧洲盛行理性主义，基督教思想中的理性主义也获得发展，特别是在英国产生了颇有影响的基督教自然神论派。
他们要将基督教建立在理性的基础之上，把基督教从所谓启示晦涩不明或超越理性的迷信的束缚中解放出来。
[8]到了19世纪，生物进化论再次对基督教产生巨大的冲击。
新教的保守派和罗马天主教采取了批判否定的态度。
但新教中的现代主义者自觉地将进化论纳入基督教，认为《圣经》创世说只是反映人类孩提时代的宗教意识，并把进化看作神恩赖以实现的手段和进步的源泉。
[9]在19世纪80年代的美国，“进化论已渗透到教会本身，并对仍然大肆攻击它的新教神学产生重要影响。
只是它已被理解为具有神性的目的。
在资深的传教士那里，由于从科学领域中引入了权威性的观念，宗教（指基督教）因此充满着新的活力和朝气”
。
[10]从17世纪开始，天主教会内一些有识之士逐渐认识到“如何适应西方现代社会的文化，恢复经院哲学并与现代哲学和科学积极对话”
已“成为摆在天主教会面前的一个重大课题”
。
[11]由此导致了新经院哲学的产生。
“新经院哲学家认识到经院哲学覆灭的一个重要原因，是不合时宜地反对自然科学。
他们一方面显示自然科学与中世纪思想有连续性的历史证据，另一方面论证托马斯主义与现代科学原理的协调性。”
[12]至20世纪上半叶，天主教的卢汶学派甚至还建立起多项科学实验室。
[13]直到90年代，罗马天主教会还相继为伽利略平反和宣布生物进化论与上帝造人的教义完全相容。
这些都显示出西方基督教的近现代发展，始终是随着科学的进步而不断修正和补充原来的教义。
这种对科学的大胆承认和对教义的自觉修正与补充，并不像某些人所认为的是所谓“上帝服输”
，[14]而是基督教自觉适应历史发展与文明进步从而促进自身发展的明智选择和重大举措。
可以说，西方基督教在近现代不断对科学进步作自觉调适，是基督教实现近代历史转变的重要标志。
在这个过程中，原有的巫术迷信遭到诋毁和唾弃，逐渐剔除出基督教的教义和实践，[15]使现代的基督教更符合人类发展的新要求。
东方日本的宗教在近现代的历史变迁中，也表现出对从西方传入的近代科学的吸纳与运用。
19世纪后期，曹洞宗的原坦山把西方近代的医学原理和方法引入到佛学研究之中，认为“西洋之学几有30余种，就中接近佛法者有数家，曰精神学、究心学、生理学、人性学、相脑学，皆务心识精神之学，以究理试验为宗旨。”
[16]由此，他先后著述《惑病同源论》《心性试验录》和《脑体异体论》等书，开掘佛教思想中的现代内容。
1899年境野黄洋等组成“佛教清徒同志会”
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