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除非你推翻满清，否则任何改革都不可能！”
进入翰林院之前，蔡元培就是一个典型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。
他慢慢地开始意识到，在一个新的时代来临、在一个新的强族环伺的世界丛林里，中华古国千年来以自我为中心的“天下”
观已彻底被颠覆，中国人固有的政治体制、文化传统、生活面貌，已经不足以正常运转、抵御外侮了，必须为民族的生存寻找新的生机。
这一时期的蔡元培进行了一些思考。
故纸堆再也找不到出路，有清一代流行的考据、训诂做学问的路子，不足以解决现实的问题。
长期传统教育熏陶出的对家国天下的责任感和使命感，使蔡元培不愿再埋头于经史子集这些给他带来功名荣耀的经典。
他把头抬了起来，放眼四望。
他想扩展自己的知识面，向西方先进国家学习治理经验，发掘救国救民的方略，寻找世界观、方法论上的支撑点。
蔡元培在这一时期转而以极大的热情，去阅读西方的新式书籍。
这种阅读，几乎是没有筛选式的。
史地政教，声光化电；自然人文，数学物理，各个方面的新知，蔡元培凡能接触到的，几乎无书不看。
在认真阅读了一些先进的中国启蒙人物，如郑观应、马建忠、梁启超的著作后，蔡元培还特别一一写上评注。
从1894年至1899年，这一时期蔡元培认真阅读过的中外新书有：《游历日本图径》《日本新政》《海国图志》《环游地球新录》《电学纲目》《盛世危言》《化学启蒙》《量光力器图说》《几何原本》《代数难题解法》《农学新法》《支那教案论》《西学启蒙》《日清战史》《生理学》《进化新论》，等等。
在这些书籍中蔡元培看到的，几乎是一个和以往完全不同的全新的知识天地和全新的世界。
他简直像获得了精神上的新生一样。
在维新思想家中，对蔡元培影响最大的是严复。
严复译述的赫胥黎的名著《天演论》于1898年4月出版后9个月，蔡元培便认真地读完这部书，他后来写道：“丁戊之间，乃治哲学。
侯官浏阳，为吾先觉。”
是严复等人的新思想唤醒了蔡元培的精神世界。
这一时期的蔡元培接触了大量近代科学与民主思想。
他还自修日文，在翰林院内钻研那些被固守封建传统的旧派人士斥为“奇技**巧”
“左道旁门”
的西方科学知识。
原因很简单，在蔡元培看来，中国不是败于“道”
，而是败于“术”
。
就“道”
而言，中国传统哲学的深邃精微，世难匹敌；但重道而轻术，导致中国完败于船坚炮利的重术之国，使他不得不转变思路。
蔡元培兼有着中国知识分子的厚重和东南文士的轻灵，他不愿也不屑因循守旧，这从他做文章上也看得出，不一味迎合科考的需要，爱独辟蹊径。
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