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根据古代比较可靠的记载，毕达哥拉斯出生于小亚细亚的希腊人城邦萨摩斯，可能生于公元前570年，其父为一个雕刻师。
他可能是诗人弗瑞库德斯的门徒，似乎还到过埃及，并与埃及的祭司有过交流。
公元前6世纪末，萨摩斯落入僭主统治之下。
毕达哥拉斯因为不满僭主的专断和自大，移居意大利的克罗同。
在那里，他赢得大批追随者，有记载说追随他的人达600之众，听他讲课的人更达2000之多，可与我们的孔夫子媲美。
他似乎还为克罗同立法，并且与300人一起治理着这个城市。
在意大利南部的其他希腊人城市，似乎也有毕达哥拉斯派活动和掌权的某些迹象。
但毕达哥拉斯学派某些独特的习惯，加上他们喜好秘密活动，与希腊城邦当时形成的凡事公开交由民众决定的传统明显存在冲突。
约公元前5世纪初，该派遭遇意大利城市的反对。
据称在公元前5世纪初年的一次集会中，他们所在的房子被人放火，不少人被烧死，侥幸逃得性命者，包括毕达哥拉斯本人在内，都遭到政敌追杀。
此后，毕达哥拉斯派势力大衰，但并未绝迹。
此后在希腊和罗马历史上时隐时现，一直延续到公元3世纪的帝国时代。
根据亚里士多德的看法，毕达哥拉斯及其后继者在哲学上最为特殊的地方，是研究数学入迷后，把数作为世界的本原。
“毕达哥拉斯学派的人们投身于数学研究，并最先推进了这门科学。
经过一番研究，他们认为，数学上的本原也就是一切存在的本原，既然在这种本原中，数目自然就是最初的，他们认为，在数目中要观察到比火、土、水中更多的与存在着和生成着东西的相似之点。”
[6]因此，世界的万物，如公正、灵魂、理智等，都不过是数目的某种属性。
公元3世纪的哲学家引用的一段言论，具体阐述了数如何产生万物的过程或者原理：“万物的始基是‘一元’……从‘一元’产生出‘二元’……‘二元’是从属于‘一元’的不定的质料，‘一元’则是原因。
从完满的‘一元’与不定的‘二元’中产生出各种数目；从数目产生出点；从点产生出线；从线产生出平面；从平面产生出立体；从立体产生出感觉所及的一切物体，产生出四种元素：水、火、土、空气。
这四种元素以各种不同的方式互相转化，于是创造出有生命的、精神的、球形的世界，以地为中心，地也是球形的，在地面上都住着人。
还有‘对地’，在我们是下面的，在‘对地’上就是在上面。”
[7]
数之所以成为世界万物的本原，是因为构成世界万物的火、土、水、空气等元素从数派生出来。
也就是说，毕达哥拉斯在哲学上的创新之一，是他企图脱离米利都学派从水、土、火、空气等具体元素中解释世界万物起源的学说，而在这四大元素之上，抽象出一个更加抽象的数，作为世界万物的本原。
本来到阿那克西曼德和阿那克西美尼时，米利都学派的四大元素论已经尝试对某一元素如何演变为世界上的万物做出说明，但毕达哥拉斯认为，在这个世界上，除动物、植物、人类等具体的物质形态外，还存在诸多非物质形态的东西，如正义、公平、理性等。
这些抽象的概念，是无法用土、水、空气等物质元素解释的，但数能够解释，如音乐上的谐音，就可以用不同音程之间的比例来说明。
此外，他们也对数如何产生万物做出了说明。
即从一产生二，二产生各种数字，点、线、面等物质的表现形态，都是从数中产生的。
这样看来，数确实能够被称为万物的本原。
毕达哥拉斯及其继承者还注意到事物由相互矛盾的对立面构成，并据此将世界划分为不同的部分，最典型的说明是，在地球上的一切，相互对立的因素各占一半，冷与热、干与湿都是相对的，热占优势时是夏天，冷占优势时是冬天，干占优势是春天，湿占优势时是秋天。
最好的季节是这些元素均衡的季节。
他们还据此把一天划分为不同的时段，清晨的空气清新，更加健康，夜晚则是浑浊的，不那么卫生。
他们的这些理论，也是从数的性质推论出来的，因为数就是一些相反的东西，它有奇和偶、有限和无限等。
这种将事物作为不同对立面构成的思想，也包含着某些辩证法的因素。
三、一切皆变、万物皆流
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