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亚里斯多德这样界定哲学与科学之间的关系：“有一种学术，它研究‘实是之所以为实是’，以及‘实是由于本性所应有的禀赋’。
这与任何所谓专门学术不同；那些专门学术没有一门普遍地研究实是之所以为实是。”
[2]这就是说，哲学是本体之学、明因之学，而科学则是属性之学、现象之学。
较之泰勒斯等最古老时代的哲学家，亚里斯多德的探索具有划时代的进步意义。
首先，亚里斯多德看到了哲学与科学的差异，促进了哲学与科学的分化，从而使哲学和科学成为各自独立的学说；其次，亚里斯多德看到了哲学对科学在认识活动中的优先性，察觉到了哲学对人类认识本身的关注。
但是，这种划界的消极意义也同样是划时代的。
其一，亚里斯多德断言科学只限于现象而不能达到本体；其二，他同时又断言只有哲学才能达到关于本体的认识。
亚里斯多德的这种划界对人类认识影响至深，以至于现在仍有人持这种观念，有些哲学家仍把哲学看成是探索世界本体的学说，即把哲学当成世界观，更可悲的是，有些科学家也认为科学不能逾越经验现象之雷池，否则便会误入形而上学。
实际上，亚里斯多德的这种观念是一种“合理的偏见”
，它抬高了哲学却贬低了科学，这既是对哲学的误解也是对科学的误解。
就科学而言，即使在亚里斯多德时代，科学不仅能解释世界的现象，而且能探索世界的本质和规律。
就哲学而言，从泰勒斯起，哲学家就企求对客观世界的本体作出最终的解答，但至今尚无成功者，无一种哲学世界观敢断言超越了科学世界观。
因此，亚里斯多德的两个教条——科学不能追问世界本体与哲学能够追问世界本体——都值得怀疑。
意大利文艺复兴以后，科学因其自身的巨大进步而突破了亚里斯多德的两个教条。
牛顿写道：“（1）我们应承认，自然物的原因不过是那些既是真的又足以解释它们的现象的原因。
（2）所以，我们必须尽可能地对同样的自然结果用同样的原因去说明。
（3）物体的有些性质，既不允许夸大也不允许缩小，并且我们发现它们属于我们实验所及范围内的一切物体，那么这些性质就应视为无论什么物体都具有的普遍性质。”
[3]这说明，科学不仅能解释现象间的联系，而且能够超越这些现象去说明“自然物的原因”
以及“物体都具有的普遍性质”
。
这样，亚里斯多德关于科学不能认识本体的教条就被牛顿力学的巨大成功所攻破：科学完全有能力追问世界的本体，科学有能力解决过去是由哲学来解决的哲学本体问题，这或许是牛顿把他的力学体系称之为自然哲学的原因。
牛顿力学的成功把哲学置于一个十分尴尬的境地，既然科学具有认识世界本体的能力，那么，哲学还有存在的必要吗？如果尚有哲学存在的余地，哲学的使命又是什么？经过近代哲学家的探索，特别是经验主义与唯理主义的思想实践，哲学逐渐放弃了关于“世界是什么”
的追问，转而思考“如何认识世界”
这一认识论问题。
“作为哲学，它决不能同数学相比，尽管它有它全部的可靠性。
因此，对这两种科学之需要进行研究，不是为了它们自身，而是为了另外一种科学——形而上学。”
“形而上学，作为理性的一种自然趋向来说，是实在的；但是如果仅仅就形而上学本身来说，它又是辩证的、虚假的……这样，批判，而且只有批判才含有能使形而上学成为科学的、经过充分研究和证实的整个方案，以及一切方法。”
[4]“我之所谓批判……泛指所谓理性能力而言。”
[5]“当理性应用于现象之客观的综合时，则情形大异。
盖在此领域中，不问其如何努力建立其不受条件制限之统一原理，且既有伟大（虽属幻相）成就之表面现象，亦立即陷入其所不得不陷入之矛盾中（在此宇宙领域中），以终止其任何此中僭妄之主张。”
[6]这就是说，人类理性在追问世界本体问题时即陷入背反之中，世界本体或许存在但不能被理性所把握。
至此，亚里斯多德的第二个教条——哲学能够认识世界本体——被证伪了。
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