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其主要存在三个方面的问题。
第一，学校类型结构不合理，学校内部科类设置不合理，表现为重文轻工，师范院校不多。
在211所高校中，高等工业学校和高等工业专科学校共有33所，仅占全国高等学校总数的15%；高等农林学校和高等农林专科学校共有17所，仅占全国高等学校总数的8%；高等师范学校在新中国成立初期只有12所，1952年增加到32所。
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第二，学校规模太小，培养的学生数量很少，不能满足经济建设对人才的需求。
1951年高等学校在校学生共153402人，平均每校745人，规模在2000人以上的学校是极少数，而各系招生规模多则几十人，少则不足十人，既不能适应国家建设对人才的需求，又造成教育资源的浪费。
第三，学校地区结构布局不合理，多数院校分布在沿海地区和大城市，西部地区很少。
经过两次院系调整，全国高等学校减为182所，其中，综合大学14所、高等工业学校39所、高等师范学校31所、高等农林学校29所、高等医药学校29所、高等政治学校4所、高等财经学校6所、高等艺术学校15所、高等语言学校8所、高等体育学校5所、少数民族高等学校2所，但地区分布不合理的状况未能完全解决。
高等学校的领导管理体制也参照苏联的模式进行改革：一是中央高等教育部对全国高等学校（军事学校除外）实行统一的领导。
凡中央高等教育部所颁布的有关全国高等教育的建设计划、财务计划、财务制度、教学计划、教学大纲、生产实习规程，以及其他重要法规、指示或命令，全国高等学校均应执行。
二是高等学校的直接管理工作，由中央高等教育部和中央有关业务部门分别负责：综合大学、多科性工业学校由中央高等教育部直接管理；单科性高等学校由中央有关业务部门管理；有些学校委托所在地的大区行政委员会或省、市、自治区人民政府管理。
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院系调整和仿效苏联教育模式的改革，使我国很快地改造了旧教育，建立起了全新的教育制度，提高了高等教育的质量，为新中国的社会主义建设培养了大批专业人才。
特别是一批专门的高等工业学校的建立，如地质学院、石油学院、矿业学院、钢铁学院、航空学院、邮电学院等的建立，填补了我国高等工业教育的空白，为我国工业化建设培养了大批专家；高等师范院校独立设置，保证了我国基础教育的发展。
其历史功绩是不可抹杀的。
但是，这次改革也带来许多后遗症，主要如下。
第一，从高等教育的培养目标来说，苏联高等教育注重培养高级专家，强调高等教育是专门教育，我国高等教育仿效苏联的模式，也强调培养专才，因而批判通才教育，把通才教育说成是资产阶级的教育，是理论脱离实际的教育。
在高等教育的专业设置上求专求细，使得我国高等学校的毕业生知识面过窄，不能适应新科技形势的发展。
第二，造成高等学校分工过细，理工分家的局面。
综合大学变成文理大学，失去了综合的优势；单科学院学科太单一，特别是一些工科院校，缺乏基础理科的支撑，不利于发展新兴学科和交叉学科，更缺乏人文精神的熏陶。
这些缺点自20世纪80年代以来暴露得越来越明显。
第三，强调高度的集中统一。
人才培养只有一种模式，过于呆板划一。
全国实行统一的专业设置、统一的教学计划、统一的教学大纲、统一的教材、统一的教学管理，不照顾地方特点，学校办学没有主动权。
这种“大一统”
的培养模式使得学术思想僵化，不利于教师发挥自己的专业特长，妨碍了学生的自主性和创造性的发挥，不利于优秀人才的培养。
第四，通过院系调整，拆散了几所知名大学，分散了学术力量和教师队伍，给我国创办世界一流大学造成了困难，耽误了时间。
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