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例如，早在自然科学以实验方法证实物体结构的原子学说之前两千多年，古代哲学就已经表述了关于物体是由原子构成的思想。
又如，古代唯物主义哲学就已经宣布，物质是永恒的，它既不产生也不消灭。
这个原理后来也为自然科学所证实。
在哲学发展的初期，除了最初的素朴的唯物主义世界观以外，还自发地形成了辩证地认识世界的方法。
关于一切都在运动（“一切都在流动，一切都在变化”
）、一切都处在相互联系中的思想，是由于观察自然现象和社会现象而产生的。
但这只是关于一般事物的知识，或者更确切些说，是关于一般事物的推测，这种推测还没有建立在详细研究“个别的”
，即单个的事物和现象的基础上。
这是它的历史局限性。
因此，从古代先进哲学学说所提出的初步的一般的世界观，进一步转向对自然界的各种事物和过程的科学研究是必要的。
当生产的发展要求在操作过程中运用科学资料的时候，这种必要性就显得格外迫切。
因而就产生了为社会实践所需求的各门科学。
科学开始从哲学中分离出来：天文学、数学、力学形成为独立科学的过程，早在古代就已经开始。
从文艺复兴时代，特别是从17世纪开始，这个过程加速了。
这时候生产的发展已经离不开科学了。
同时生产的需要也推动了物理学、化学以及后来的生物学等等这样一些建立在对自然界的实验研究上的独立科学的产生。
这个时期科学所进行的工作，主要是收集资料，并对资料进行系统整理和分类，换句话说，就是研究个别事物。
而哲学则试图建立各门知识领域之间的联系。
恩格斯在谈到这个时期科学知识的状况时指出：“百科全书思想是18世纪的特征；这种思想的根据是认为以上所有这些科学部门都是互相联系着的，可是它还不能够使各门科学彼此沟通，而只能够把它们简单地并列起来。”
[3]哲学就试图把各门科学结合起来，把它们组成一个统一的体系。
当时各门科学时常被看作是哲学的组成部分，而哲学则以人类知识的一种百科全书的姿态出现，并力求充当“科学的科学”
。
17世纪法国哲学家笛卡儿在他的著作《哲学原理》的序言中写道：全部哲学好比一棵树，树根是形而上学[4]，树干是物理学，由这个树干分出的树枝就是其他各门科学，后者可以归纳为三大类：医学、力学和伦理学。
当建立在实验的基础上的关于自然的知识还不丰富的时候，哲学想要充当“科学的科学”
还有一定的道理。
因为当时人类的知识中还有许多空白，而哲学会力图填补这些空白。
由于实验资料不足而无法解决的若干科学上的共同问题，只有靠思辨的方法即逻辑论断的方法来解决。
可是这样一来，除了出现不少天才的推测之外，也产生了许多阻碍自然科学发展的臆想。
当各门科学逐步地在实验知识的牢固基础上建立起来之后，它们就从哲学分离出来而具有了独立性。
这不仅对于各门具体科学，而且对于哲学本身，都是一个进步，因为它使哲学摆脱了它无法胜任的工作——用哲学来代替一切其他科学。
到了19世纪，由于自然科学上的各种发现，在认识自然界中所发生的各种过程的相互联系方面，大大前进了一步，并且不仅认识到自然界各个领域内各种自然过程之间的联系，而且认识到不同科学所研究的不同领域之间的联系。
根据自然科学的材料来描绘自然界这个有联系的整体的全貌已经成为可能。
既然这时每一门科学已经能够说明它自己在整个知识体系中的地位，那么所谓的自然哲学（关于自然界的哲学，它试图以思辨的方法描绘自然界的全貌）就成了多余的东西。
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