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在“二次革命”
以后，蔡元培对改造中国的理念已经渐渐地从革命转向了改良，这时的他对孙中山以“护法”
为旗帜另立南方政权之举就不以为然，他的一些言行甚至一度引起了国民党内的非议。
上任北大校长后，蔡元培主张“大学学生，当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯”
。
他在给汪精卫的信函中也曾说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。
而在国外经营之教育，又似不及在国内之切实。
弟之所以迟迟不进京欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”
由此可见，蔡元培提倡“教育救国”
的理念，希望学生专注于学问。
当然，对于学生参与政治运动，蔡元培没有持完全否定的态度，一开始，他的态度甚至是积极支持的。
但在“五四”
之后，蔡元培对各地学生竞相投身爱国运动的现状甚为担忧，他反复重申：“救国之道，非止一端，根本要图，还在学术。”
但由于国内外局势的压迫和不断恶化，他的话显然不入学生之耳，甚至与学生几成对立之势。
蔡元培也在各种反对势力的压力下发表辞职声明，大意为：一、我绝对不能再作那政府任命的校长；二、思想自由是世界大学的通例，我绝对不能再做不自由的大学校长；三、北京是个臭虫窠，我绝对不能再到北京的学校任校长。
临走前，他留下那张字条：“吾倦矣!‘杀君马者道旁儿也’。
‘民亦劳止，汔可小休’。
吾欲小休矣。
北京大学校长一职，已正式辞去，其他有关系之各学校、各集会，自五月九日，一切脱离关系。
特此声明，惟知我者谅之。”
事隔多年后，蔡元培写的回忆文章《我在北京大学的经历》，把当年辞职的原因做了清晰的梳理：“……但被拘的虽已保释，而学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不做不休的态度。
都中宣传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位之嫌疑，不可以不速去。”
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北京的风潮非但没有因为蔡元培的辞职而平息，反而引发了一场更大规模的“挽留蔡校长”
运动，以至于教育部新任命的校长无法到校。
在这种情况下，蔡元培于当年7月回北大复职。
在南下途中，蔡元培给北大学生写信，他肯定了学生们的行动，认为此举“纯出于爱国之热诚”
。
但在返回北大后，蔡元培开始尽可能地劝告学生应以“学术救国”
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