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自卷上方孝孺、曹端诸儒，经卷中罗钦顺、王廷相等，迄于卷下霍韬、吕坤、黄道周、孙奇逢辈，入案学者贯穿有明一代，凡42人。
对于《诸儒学案》的设置，黄宗羲解释得很清楚，他说：“诸儒学案者，或无所师承，得之于遗经者；或朋友夹持之力，不令放倒，而又不可系之朋友之下者；或当时有所兴起，而后之学者无传者，俱列于此。”
至于各卷的划分，他亦有解释：“上卷则国初为多，宋人规范犹在。
中卷则皆骤闻阳明之学而骇之，有此辨难，愈足以发明阳明之学，所谓他山之石，可以攻玉也。
下卷多同时之人，半归忠义，所以证明此学也，否则为伪而已。”
[7]
《明儒学案》的第四部分为《东林学案》4卷，所录为顾宪成、高攀龙等17人。
当明末季，宦官祸国，党派角逐，国运文运皆江河日下。
率先起而振颓救弊者，为东林诸君子。
黄宗羲于东林诸公的忠烈节义，赞为“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”
，可谓推崇备至。
顾、高诸公，鉴于王学末流的汪洋恣肆，以王门四句教为把柄，矛头所向，不惟以王畿为的，而且直指其师王守仁的“致良知”
说。
黄宗羲于此深不以为然，故在《东林学案》中多所驳诘。
他始而再辩四句教，重申：“其所谓无善无恶者，无善念恶念耳，非谓性无善无恶也。”
至于王畿的四无说，则“与阳明绝无干涉”
，他就此喟叹：“呜呼！
天泉证道，龙溪之累阳明多矣。”
[8]继之针对高攀龙对“致良知”
说的批评，黄宗羲指出，不惟高氏格物说与朱子异趣，且因欲自别于王阳明而进退失据。
他的结论是：“先生之格物，本无可议，特欲自别于阳明，反觉多所扞格耳。”
[9]最后则借其师刘宗周之言，对高氏学说作了“半杂禅门”
，“大醇而小疵”
[10]的总评。
在黄宗羲看来，晚明学术界，以修正王学而足称阳明学干城者，则是其师刘宗周。
于是《明儒学案》便以《蕺山学案》一卷殿后，既以之总结全书，亦以之对一代理学，乃至整个宋明理学作出总结。
黄宗羲认为：“今日知学者，大概以高、刘二先生，并称为大儒，可以无疑矣。”
然而若论为学之纯粹、正大，则独推其师。
所以他说：“若吾先师，则醇乎其醇矣。”
一卷《蕺山学案》，既于案主传略中极意推尊，以刘宗周而直接濂、洛、关、闽和王阳明，又精心选取案主学术精粹，辑录成篇。
所录依次为《语录》、《会语》、《易箦语》、《来学问答》、《原》、《证学杂解》、《说》、《读易图说》、《圣学吃紧三关》、《大学杂绎》、《论语学案》等凡11类。
宗周学术，精要实在“慎独”
，所以黄宗羲总评其师学术云：“先生之学，以慎独为宗，儒者人人言慎独，惟先生始得其真。”
[11]全案以“慎独”
说为中心，既有对理学诸基本范畴的阐释，又有对诸学术大师学说的评论。
其所涉内容之广泛，辑录资料之翔实，不惟为全书其他学案所不可比拟，而且即使是《姚江学案》，亦难免相形而逊色。
所以我们说，《蕺山学案》既是对《明儒学案》全书的总结，也是对明代理学和整个宋明理学的总结。
（二）编纂体例及其评价
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